Foto: Bild (Dr Drosten)

Avaldame teise osa saksa mikrobioloogi Stefan Lanka artiklist, mis on avaldatud saksa ajakirjas WissenschaftPlus (“Viiruse vale tõlgendamine II”). Selles osas annab ta viroloogiast ja PCR-tehnoloogiast lihtsa ülevaate ning seletab, miks on professor Christian Drosten pannud toime suure pettuse. Esimest osa saad lugeda siit.

Professor Christian Drosten Charité ülikoolikliinikust väidab, et alates 1. jaanuarist 2020 töötas ta välja geneetilise tuvastamise protseduuri, mille abil saab usaldusväärselt tuvastada uue koroonaviiruse olemasolu. 21. jaanuaril 2020 soovitas WHO seda meetodit hiinlastele ja kõikidele riikidele, et teha kindlaks väidetava uue koroonaviiruse levik.

Selleks, et a) mõista, millised eeldused ja tegevused on dr Drosteni väidete aluseks, ja b) kontrollida, kas tema järeldused on loogiliselt ja teaduslikult tõestatud või mitte või isegi ümber lükatud, nõuab see kasutatud terminite ning tehnikate selgitust, tema arutluskäikude esitamist ja kahe üliolulise publikatsiooni analüüsi, millele prof Drosten viitab.

1. Kuidas määratletakse viirust ja koroonaviirust?
2. Kuidas määratletakse selles kontekstis geneetilisi järjestusi?
3. Kuidas toimivad järjestuste tuvastamismeetodid PCR, pöördtranskriptsiooni PCR (RT-PCR) ja reaalaja RT-PCR?
4. Millal saab tõendeid inimestes esinevate järjestuste kohta kasutada tõestusena viiruse olemasolu kohta?
5. Kuidas on viiruse olemasolu teaduslikult tõestatud?

Terminid

• Teaduses määratletakse viirust spetsiifilise geneetilise materjali järgi, mis kuulub ainult sellele viirusele.
• Viiruse geneetilist materjali nimetatakse ka viiruse geneetiliseks ahelaks, viiruse geneetiliseks molekuliks või selle genoomiks.
• Viiruse geneetiline materjal sisaldab erinevate viirusvalkude moodustamiseks vajalikke geneetilisi järjestusi, millele viidatakse kui viiruse geenidele.
• Viiruse geneetiline materjal võib koosneda kas kahest DNA tüübist või RNA-st.
• Koroonaviirused on määratletud nii, et need koosnevad spetsiifilisest RNA molekulist, mis on kaetud kelmega.
• Konkreetse viiruse geneetilist materjali defineeritakse selle täpselt määratletud pikkuse ja viirusgenoomi struktuuri järgi.
• Viiruse genoomi koostis tuleneb geneetilise materjali moodustavate ehituskivide arvu ja konkreetse järjestuse täpsest määramisest. Geneetilise materjali nelja ehituskivi nimetatakse nukleotiidideks.
• Geneetilise materjali nelja ehitusploki konkreetse järjestuse määramise protsessi nimetatakse sekveneerimiseks ehk järjendamiseks.
• Geneetilise materjali ehitusplokkide järjestuse määramise tulemust nimetatakse järjestuseks või geneetiliseks järjestuseks.
• Patogeensed viirused on määratletud nii, et nende järjestus on ainulaadne – seda ei esine tervetel organismidel.
• Viiruse geneetilise materjali tuvastamiseks ja määramiseks peab viirus olema isoleeritud ja esinema puhtal kujul, kooskõlas mõtteseaduste ja igale teadusele eelneva põhiloogikaga, et rakuspetsiifilisi geenijärjestusi ei tõlgendataks valesti kui viiruse komponente.
• Geneetilise aine järjestuse saab kindlaks teha ainult siis, kui see on DNA vormis.
• RNA-vormis oleva geneetilise aine järjestuse määramiseks tuleb see kõigepealt biokeemiliselt muundada DNA-ks.
• Protsessi, mis muundab geneetilise aine RNA-d DNA-ks, nimetatakse “pöördtranskriptsiooniks” ehk lühendatud kujul RT-ks.
• Geneetilise materjali olemasolu ja pikkus määratakse elektriväljas pikisuunalise eraldamise abil. Lühikesed tükid liiguvad kiiremini, pikemad tükid aeglasemalt. Samal ajal lisatakse uuritava geneetilise materjali pikkuse kindlaksmääramiseks erineva teadaoleva pikkusega geneetilise materjali tükke. Seda usaldusväärset standardset meetodit geneetilise materjali tuvastamiseks ja pikkuse määramiseks nimetatakse “geelelektroforeesiks”.
• Kui teatud geneetilise materjali kontsentratsioon on liiga madal ja seda ei saa geelelektroforeesi meetodiga tuvastada, saab seda oma suva järgi suurendada DNA piiramatu paljundamise tehnikaga, mida nimetatakse polümeraasi ahelreaktsiooniks. Sel viisil saab tuvastamatu DNA geelelektroforeesis nähtavaks. See on eeltingimus, et muuta geneetiline aine edasistele uuringutele kättesaadavaks, eriti selle pikkuse ja järjestuse määramiseks. Seda meetodit nimetatakse lühidalt ka PCR-iks.